Kelompok ini mencakup satuan pendidikan pesantren pada jenjang pendidikan tinggi yang diselenggarakan pada jalur pendidikan formal yang diselenggarakan oleh Pesantren dan berada di lingkungan Pesantren dengan mengembangkan kajian keislaman sesuai dengan kekhasan Pesantren yang berbasis Kitab Kuning secara berjenjang dan terstruktur dengan menyelenggarakan pendidikan akademik pada program sarjana, magister, dan doktor pada rumpun ilmu agama Islam tertentu sesuai ketentuan peraturan perundangundangan, berbentuk Ma'had Aly. Rumpun ilmu agama Islam yang dikembangkan oleh Ma’had Aly meliputi: Alquran dan ilmu Alquran; tafsir dan ilmu tafsir; hadis dan ilmu hadis; fikih dan ushul fikih; akidah dan filsafat Islam; tasawuf dan tarekat; ilmu falak; sejarah dan peradaban Islam; dan bahasa dan sastra Arab.